Bakteriální znečištění vody představuje přítomnost bakterií, virů a dalších mikroorganismů ve vodě. Tyto nežádoucí mikroorganismy mohou být příčinou různých onemocnění, počínaje střevními potížemi až po různá infekční onemocnění, jako například žloutenka, tyfus, cholera tuberkulóza nebo salmonelóza.